新宿区のフリースクール11選｜入学金0円の施設と月2万円助成の使い方【2026年最新】

新宿区でフリースクールを探すときに、先に押さえておきたい3つのこと

1. 新宿区は「選択肢が多い区」です

東京都は助成金の対象として確認した施設の一覧を公開しています。令和7年度版は全341施設。そのうち新宿区所在として掲載されている施設を数えると13か所ありました（2026年9月確認）。

通信制高校のサポート校が運営する中等部、個別指導型の学習支援、探究型の教室、少人数の居場所型まで、性格がまったく違う施設が同じ区内に並んでいます。数が多いぶん、探し方の順番が効きます。

2. 費用の幅が、同じ区内でも大きく開きます

この記事で扱う施設の費用は、入学金・授業料が0円（年間教材費5,000円のみ）の施設から、月額49,500円の施設まで並びます。

この差は、施設の質というより「何をする場所か」の違いです。週1回の居場所、1対1の個別指導、毎日通える学校型——軸が違えば必要な人員も変わります。まずお子さんが今どの段階かを決めてから、費用を見てください。

3. 「出席扱い」は施設ではなく、在籍校が判断します

文部科学省の通知（令和元年10月25日）は、校長が設置者である教育委員会と十分に連携をとって判断するものとしています。この記事の「出席扱い」欄は施設が公式サイトに何と書いているかを写したもので、判断は在籍校の校長先生と新宿区教育委員会にあります。

【一覧表】新宿区とその周辺のフリースクール11か所

新宿区内の8か所と、千代田区・中野区から通える2か所、オンラインのNIJINアカデミーです。費用・対象・開所日時は各施設の公式サイトの記載どおりです（2026年9月確認）。

01〜03｜新宿駅・高田馬場エリアの3施設｜通学しやすさで選ぶなら

新宿駅から徒歩5分、高田馬場駅から徒歩5〜6分という、区内でもっとも通いやすい位置にある3か所です。

01 八洲学園中等部 新宿キャンパス

西新宿7丁目、各線「新宿駅」から徒歩約5分。学校法人八洲学園が運営する中学生向けの施設です。

いちばん大きな特徴は費用で、公式サイトに入学金 無料・授業料 無料・年間教材費5,000円（教材費のみ）と明記されています。出席扱いも「在籍中学校と連携し、フリースクールへの通学を出席認定として認定するサポートを行っている」と書かれています。開所曜日と時間は記載がなかったため、電話でご確認ください。

Googleマップで場所を見る（東京都新宿区西新宿7-11-18 新宿711ビル7階）

出典：八洲学園中等部 新宿キャンパス 公式サイト（2026年9月確認）

02 学研WILL学園 高田馬場キャンパス

高田馬場1-14-9 Kビル。JR・西武新宿線「高田馬場」駅 戸山口から徒歩6分ほか、3路線から歩ける立地です。小学生・中学生・高校生のそれぞれに課程があります。開所時間が長いのが特徴で、平日は9時から21時、土曜も11時から19時まで。「朝は起きられないが、午後なら動ける」という段階でも枠があります。

公式サイトには出席認定の実績として東京都158校・千葉県7校・埼玉県58校・茨城県4校の公立学校という数字が掲載されています。費用の記載はありませんでした。

Googleマップで場所を見る（東京都新宿区高田馬場1-14-9 Kビル）

出典：学研WILL学園 高田馬場キャンパス 公式サイト（2026年9月確認）

03 キズキ共育塾 西新宿校

西新宿8-2-20 井上ビル10号館。東京メトロ丸ノ内線「西新宿」駅1出口から徒歩5分です。居場所型ではなく、不登校・ひきこもり・中退経験のある方や、発達障害のある方に向けた完全個別指導の塾です。

開校は火・木曜が12時から21時、水・金・土曜が10時から19時。夜の枠があるため、昼間に外出しづらい段階でも予定を組めます。出席扱いは「在籍している学校の判断によってカウント可能であり、実例も多数あります」と記載されています。授業料の掲載はありませんでした。

Googleマップで場所を見る（東京都新宿区西新宿8-2-20 井上ビル10号館 601・602号室）

出典：キズキ共育塾 西新宿校 公式サイト（2026年9月確認）

04〜08｜早稲田・市ヶ谷・四谷・江戸川橋・西落合の5施設｜少人数で過ごす場所

新宿区の東側と北側に分散している5か所です。週1〜2回から始められる施設が多く、「毎日通う」より前の段階に向いています。

04 東京YMCA 中学生の学び場 あっとY

西早稲田2-18-12、東京YMCA高等学院のなかに置かれた中学生専用の居場所と学び場です。対象は「学校に行きづらさを感じている中学1年生〜中学3年生」と公式サイトに書かれています。

開所は火曜・木曜の10時30分から13時、水曜の12時30分から15時。半日の枠が週3日という構成で、外に出る練習から始めたい段階に合う設計です。利用料は11,000円（税込）から、日数によって変わります。出席扱いは「在籍校の認可があればカウントされる」とあります。

Googleマップで場所を見る（東京都新宿区西早稲田2-18-12）

出典：東京YMCA高等学院 中学生の学び場あっとY 公式サイト（2026年9月確認）

05 フリースクール新宿アレーズ

市ケ谷駅から徒歩5分。一般社団法人フリースクール新宿アレーズが運営しています。開室は月曜から金曜の10時から17時（小学生は16時まで）で、この記事の新宿区内8か所のなかでは平日5日すべて開いている数少ない施設です。

対象は「小学1年生から18歳（高校3年生年齢相当）まで」。体験見学は3回まで無料、見学は原則毎週月曜13時からです。費用は月利用料49,500円（税込）で、東京都の助成でひと月あたり20,000円が戻る旨が併記されています。出席扱いの記載は確認できませんでした。

出典：フリースクール新宿アレーズ 公式サイト（2026年9月確認）

06 Allight Education

水道町1-19 江戸川橋STビル3階。東京メトロ有楽町線「江戸川橋」駅から徒歩4分です。フリースクールコースの対象は小学1年生から中学3年生、開所は月曜から金曜の10時から20時（土日祝は休業）です。

費用は形式で分かれていて、グループ授業が月額14,900円、フリーワークが月額22,000円、個別授業が月額29,900円から（税込）。段階に応じて動かせる料金体系です。出席扱いの記載は確認できませんでした。

Googleマップで場所を見る（東京都新宿区水道町1-19 江戸川橋STビル3階）

出典：Allight Education 通学支援 公式サイト（2026年9月確認）

07 いもいも デイクラス 四谷本校

新宿区四谷。つくる・考える・話すといった活動を中心にした探究型のクラスです。開催は月曜・火曜・金曜の10時30分から14時30分で、月曜と火曜は小学生・中学生、金曜は小学4年生から中学生が対象。毎月3回・年33回（8月を除く）の回数制です。費用は入会登録料24,200円、月額授業料28,875円、諸経費2,420円（税込）。番地と出席扱いは記載を確認できませんでした。

出典：いもいも デイクラス 公式サイト（2026年9月確認）

08 フリースペースしんじゅく

新宿区西落合3丁目。公式サイトには「一般的なフリースクールよりも少人数制で、アットホーム」とあり、不登校や引きこもりの小中学生を中心に若者まで受け入れているとあります。

受け入れは2026年現在、火曜日と金曜日の午前10時から午後3時。自宅への訪問にも対応しています。費用と出席扱いは記載を確認できませんでした。

出典：フリースペースしんじゅく 公式サイト（2026年9月確認）

09〜10｜千代田区・中野区から通える2施設｜区の外に出ると選択肢が増えます

新宿区は中野区・千代田区・文京区・渋谷区・豊島区と接しています。電車で10〜15分の範囲まで広げると、費用も通い方も違う施設が見つかります。

09 高卒支援会フリースクール 水道橋キャンパス

千代田区神田三崎町2-2-15 Daiwa三崎町ビル503。認定NPO法人高卒支援会が運営し、通う回数で月額が変わる料金体系です。

掲載されている月額は週1回20,000円、週2〜3回27,000円、週4回33,000円、週5回40,700円。開所は平日9時30分〜17時、小学生から20代まで受け入れています。出席扱いは「在籍校の校長の判断で、通った日数が出席として扱われることもあります」と記載されています。

Googleマップで場所を見る（東京都千代田区神田三崎町2-2-15 Daiwa三崎町ビル503）

出典：認定NPO法人高卒支援会 フリースクール 公式サイト（2026年9月確認）

10 フリースペース・フリースクール ito-いと

中野区。「フリースペース」と「フリースクール」を分けて運営しているのが特徴です。フリースペースは野方・新井・桃園の各区民活動センターなどで週1回程度・月1回は無料。対象は主に小中学生とその保護者で、保護者が一緒に行ける場があるのは大きい要素です。

フリースクールのほうは中野駅から徒歩13分ほどのレンタルスペースで、週1〜2回・10時から16時、月額20,000円。対象は不登校の小学生・中学生。出席扱いの記載は確認できませんでした。

出典：フリースペース・フリースクール ito-いと 公式サイト（2026年9月確認）

新宿区の公的な支援｜つくし教室・チャレンジクラスと、東京都の月額2万円助成

新宿区・東京都の公式サイトで確認できた内容です。区立小中学校に在籍中なら、まず動かせるのはこの3つです。

教育支援センター「つくし教室」（新宿区立教育センター内）

場所は新宿区大久保3-1-2 新宿コズミックセンター内の教育センター7階。対象は「区立小・中学校に在籍し、さまざまな理由で登校できないでいる子供」、開室は月〜金の9時30分から14時50分（祝日・年末年始を除く）です。

活動は集団生活への適応、情緒の安定、基礎学力の定着、基本的生活習慣の改善のための指導・支援と公式サイトにあります。つくし教室での集団活動・個別学習のほか、図書館などで支援する「けやきルーム」、家庭を訪問する「メンタルフレンド」の3つの取組があります。費用と出席扱いは記載を確認できませんでした（直通03-3232-2712）。

チャレンジクラス「NS学級」と、自宅から参加できる枠

新宿区は西新宿中学校に不登校対応の校内分教室「チャレンジクラス」NS学級を設置しています。あわせてバーチャル・ラーニング・プラットフォームが月〜金の8時から18時で運用されています。自宅から参加できる公的な枠があるということです。利用条件は在籍校か教育センターへ。

出典：新宿区立教育センター つくし教室／東京都 TOKYO多様な学びの場・居場所ナビ 新宿区／新宿区 学校のことや子育てについてのご相談／東京都 フリースクール等に関連する支援事業について（2026年9月確認）

NIJINアカデミー世田谷下高井戸8D校（京王線で新宿方面から通える教室）

世田谷区赤堤4-41-5 あいばらビル301。京王線・東急世田谷線「下高井戸」駅から徒歩3分のリアル教室です。公式サイトには世田谷区・杉並区・新宿区・調布市周辺から通える教室として紹介されています。京王線で新宿駅から乗り換えなしで向かえる位置です。

開校は水曜・木曜・金曜の10時から15時、対象は小学生・中学生、定員は6〜7名。新宿区内は週1〜2回の施設と平日毎日の施設が混在しています。そのなかで下高井戸8D校は、少人数で週3日の枠があるという位置づけです。

ただし、この教室だけで週5日を埋めることはできません。だからNIJINアカデミーは、リアル教室と平日毎日開くメタバース校舎を組み合わせています。

出典：NIJINアカデミー 世田谷下高井戸8D校 公式サイト（2026年9月確認）

オンラインという選択肢｜NIJINアカデミーのメタバース通学

新宿区で探すと、2つの壁にぶつかります。

ひとつは開所日数です。新宿区内8か所のうち、平日5日すべて開くと公式サイトで確認できたのは3か所ほどです。

もうひとつは移動です。多くは駅から徒歩5分前後ですが、朝、家を出られるかが日によって変わる段階では、新宿駅や高田馬場駅の人の多さ自体が壁になります。

NIJINアカデミーのメタバース校舎は、この2つの隙間に入る選択肢です。平日は毎日開いていて、移動がありません。体調が読めない日も、チャットだけで参加できます。

下高井戸8D校に水曜だけ通い、残りの4日はメタバース校舎から参加する。あるいは、まずメタバース校舎で様子を見て、家を出られる日が増えたら新宿区内の施設を見学する。週の埋め方として、候補に入れてみてください。

NIJINアカデミーの雰囲気を見る

NIJINアカデミーのスタッフが、子どもと保護者に向き合う日々をどんな思いで過ごしているかを話しています。メタバース校舎の雰囲気も映っています。

出席扱いを相談するときの進め方

フリースクールに通えば自動的に出席になる制度ではありません。文部科学省の通知は、校長が設置者である教育委員会と十分に連携をとって判断するものと定めています。判断するのは在籍校です。

1. 施設を決める前に、担任の先生に相談する「学校の外で学ぶことを考えています。出席扱いについて相談させてください」と伝えます。施設が決まっていない段階でかまいません。事後報告より、検討中に話しておくほうが進みます。
2. 区の教育委員会 学務課・指導室に問い合わせる校長は教育委員会と連携して判断するため、区教委が実質的な窓口です。区役所の代表番号からつないでもらえます。
3. 公的な教育支援センターを先に確認する通知は、まず教育委員会等が設置する公的機関を基本としています。無料または低額で、出席扱いにも対応していることが多いため、話が整理されます。
4. 民間・オンラインを検討するここで施設側に「出席扱いの実績はありますか」「学校へ渡す記録は出してもらえますか」「頻度はどのくらいですか」を必ず確認します。
5. 記録を学校に提出し、判断を待つ判断には時間がかかることがあります。学期の途中でも、早めに動くほうが安全です。

参考：文部科学省「不登校児童生徒への支援の在り方について（通知）」令和元年10月25日

よくある質問

まとめ

新宿区とその周辺の11か所を見てきました。選び方の軸は3つです。

新宿区は、都の助成対象一覧に13か所が載る区です。それでも中野・千代田・文京・渋谷・豊島が電車で10〜15分の距離にあります。「新宿区で」という枠を外して、通学時間で線を引き直してみてください。

そして、京王線でつながる下高井戸にはNIJINアカデミーのリアル教室があり、その先には平日毎日開くメタバース校舎があります。11か所を見学して回る時間がなくても、家から授業を覗くことはできます。