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フリースクールを考え始めたとき、多くのご家庭が最初にぶつかるのが費用です。「月に数万円を払い続けられるだろうか」「補助金や助成金はないのか」。結論から言うと、フリースクールの利用料を助成する制度は、国ではなく自治体ごとに用意されています。金額も条件も地域によって大きく違います。この記事では、2026年度に公式ページで確認できた15の自治体の制度を一覧にし、対象になる条件、申請の流れ、自分の自治体の制度の調べ方までまとめます。
- 制度は自治体ごと——全国一律の利用料補助は確認できません。都道府県、市区町村がそれぞれ独自に設けています
- 金額の目安は月1万円〜2万円——利用料の2分の1を、月1万円〜2万円を上限に助成する制度が多く見られます
- 施設の条件に注意——自治体が認定・登録した施設や、在籍校が出席扱いにしている施設に限る制度が多くあります
- 申請しないともらえません——申請した月の翌月分からが対象、という制度もあります。通い始める前に確認するのが確実です
この記事は、全国から900名を超える子どもたちが通うオルタナティブスクール「NIJINアカデミー」の知見も踏まえて構成しています。全国各地のご家庭から「うちの自治体では助成が使えますか」というご相談をいただくなかで、制度の地域差の大きさを実感してきました。
フリースクールの補助金は「国」ではなく「自治体」の制度
まず全体像です。フリースクールの利用料について、国が全国一律で保護者に補助する制度は、公式の情報では確認できません（2026年10月時点）。国の動きとしては、2016年に教育機会確保法が成立した際、参議院の附帯決議で、フリースクール等での学習について「負担の軽減のための経済的支援の在り方について検討」することが求められました。国の段階は、いまも「検討」と調査研究が中心です。
出典：文部科学省「義務教育の段階における普通教育に相当する教育の機会の確保等に関する法律案に対する附帯決議」
経済的に苦しい家庭を支える就学援助も、対象は学用品費・通学費・修学旅行費・学校給食費など学校生活にかかる費用で、文部科学省が示す補助対象の品目にフリースクールの利用料は入っていません。
出典：文部科学省「就学援助制度について」
その空白を埋めているのが自治体です。ここ数年で、都道府県や市区町村が独自に利用料を助成する動きが広がりました。ただし、制度がある自治体と、ない自治体があるのが現状です。隣の市にはあるのに自分の市にはない、ということも珍しくありません。
お住まいの地域がどの型に当たるかで、調べる先が変わります。
都道府県が保護者に直接助成します。東京都や三重県がこの型です。県内のどの市町村に住んでいても対象になりますが、所得の条件がつくことがあります。
市区町村が独自に助成します。神戸市、名古屋市、鎌倉市など。その市区町村の住民や、市立学校に在籍する子が対象です。
都道府県の助成を受けたうえで、足りない分を市区町村がさらに助成します。東京都の港区、板橋区などがこの型です。
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自治体の助成制度15例｜金額と条件の一覧【2026年度】
ここからは、各自治体の公式ページで内容を確認できた制度を紹介します。金額は「月額の上限」と「補助率」の組み合わせで決まることが多く、上限額だけを見ると実際より多く見えてしまう点に注意してください。たとえば「2分の1・上限1万円」の制度で月謝が1万6千円なら、助成は8千円です。
東日本の制度
| 自治体 | 助成額 | 主な条件 |
|---|---|---|
| 東京都 | 月額2万円を上限 | フリースクール等に通所する不登校の小・中学生の保護者。令和8年度の申請は2026年5月27日〜2027年2月12日 |
| 東京都港区 | 月額2万円を上限（都の助成に上乗せ） | 都の助成金の交付決定を受けた、区内在住の不登校の児童・生徒の保護者 |
| 東京都板橋区 | 月額2万円を上限（都の助成に上乗せ） | 区内在住で、都の助成金の交付決定を受けた保護者 |
| 北海道北広島市 | 月額2万円を上限。利用料の2分の1（就学援助世帯は4分の3、生活保護世帯は全額） | 市立小中学校に在籍する児童生徒の保護者。学校の授業時間に開所しているなどの条件を満たす施設 |
| 栃木県さくら市 | 月額1万円を上限 | 市内在住の不登校の小・中学生の保護者。学校長と市教育委員会が認めた施設 |
| 神奈川県鎌倉市 | 利用料等の2分の1、月額1.3万円を上限 | 市内在住の小・中・高校生で登校が難しい子の保護者。市が認定した施設 |
| 長野県長野市 | 対象経費の2分の1以内、年額156,000円を上限 | 市内在住で、就学援助を受けている家庭 |
| 長野県諏訪市 | 月3万円までの利用料に対し、50%（準要保護世帯75%、要保護世帯100%） | 市内在住。信州型フリースクール認証を受けた施設 |
| 長野県千曲市 | 月額1万円を上限。50%（就学援助世帯は100%） | 市内在住。信州型フリースクール認証を受けた施設 |
西日本の制度
| 自治体 | 助成額 | 主な条件 |
|---|---|---|
| 愛知県名古屋市 | 利用料の4分の1、月額11,000円を上限（就学援助認定者等は2分の1、月額22,000円を上限） | 市立の小・中・特別支援学校に在籍。愛知県内にある民設民営の通所型の施設 |
| 三重県 | 利用料の2分の1、月額15,000円を上限 | 生活保護・就学援助・児童扶養手当の受給世帯、または所得割が非課税の世帯。県が対象とする22施設 |
| 滋賀県彦根市 | 月4万円までの対象経費に対し、50%（準要保護世帯75%、要保護世帯100%） | 市内在住。ほかの公的な助成を受けていないこと |
| 兵庫県神戸市 | 利用料の半額。通所型は月額2万円、オンライン型は月額1.5万円を上限 | 市立学校に在籍する不登校の児童生徒。市が認定した施設 |
| 兵庫県姫路市 | 利用料の2分の1、月額1万円を上限 | 市内在住で、年間30日以上欠席の小中学生の保護者。校長が出席扱いと認めていること |
| 愛媛県松山市 | 利用料の2分の1、月額1万円を上限 | 市内の公立小中学校に在籍し、年間30日以上欠席。市教育委員会が認定した施設 |
各自治体の公式ページ（表内のリンク）で2026年10月に確認した内容です。制度は年度ごとに見直されます。申請の前に、必ずリンク先の最新の情報をご確認ください。
一覧を見ると、同じ「助成」でも設計がかなり違うことがわかります。東京都のように、ページに所得の条件の記載がなく広く助成している制度もあれば、三重県や長野市のように経済的に厳しい世帯に絞っている制度もあります。諏訪市や彦根市、北広島市のように、世帯の状況によって補助率を変えている自治体もあります。
金額の決まり方にも、2つの形があります。ひとつは「月額◯円まで」と上限だけを決めている形で、月謝が上限より安ければ実費の全額が助成されます。もうひとつは「利用料の2分の1」のように補助率を決めている形で、月謝が安いほど助成額も小さくなります。同じ「上限1万円」でも、補助率の決まりがあるかどうかで受け取れる額は変わります。制度のページで「補助率」「◯分の◯」という言葉を探してみてください。
対象になるかを分ける5つの条件
「うちは対象になるのか」を判断するとき、見るべき条件はだいたい共通しています。制度のページを開いたら、次の5点を順に確認してください。
- 住所と在籍校——「市内在住」が条件の制度と、「市立学校に在籍」が条件の制度があります。私立・国立の学校に通っている場合は、対象になるかを個別に確認してください
- 不登校の状態——「年間30日以上の欠席」のように日数で決めている自治体（姫路市、松山市など）と、日数を明記していない自治体があります
- 通う施設——自治体が認定・登録した施設、県の認証を受けた施設、在籍校の校長が出席扱いと認めた施設、などの条件がつくことが多くあります
- 世帯の所得——所得の条件がない制度、就学援助世帯などに限る制度、所得によって補助率が変わる制度の3通りがあります
- ほかの助成との関係——都道府県の助成を受けていることが前提の上乗せ制度もあれば、ほかの公的な助成を受けていないことが条件の制度もあります
このなかで、いちばん見落としやすいのが「通う施設」の条件です。助成がある自治体に住んでいても、通いたいフリースクールが対象の施設でなければ、助成は受けられません。長野県の諏訪市や千曲市は、県の「信州型フリースクール認証制度」で認証された施設に限っています。神戸市や松山市は市が認定した施設、三重県は県が対象とする22施設です。
ですから、順番としては「施設を決めてから助成を調べる」よりも、「助成の対象になる施設を先に知る」ほうが確実です。自治体のページに対象施設の一覧が載っていることもあります。
「保護者への助成」と混同しやすい制度
調べていると、名前が似ていて紛らわしい制度に出会います。申請できると思って読み進めたら対象が違った、ということがないように、代表的なものを挙げておきます。
フリースクール（施設）への補助
自治体がフリースクールの運営者に対して出す補助金です。施設の家賃や人件費を支えるもので、保護者が申請するものではありません。ただし、施設への補助があることで月謝が抑えられている場合があります。
市町村への補助
神奈川県の「フリースクール等利用児童・生徒支援事業費補助金」は、県が市町村に対して補助する制度です。県のページには、保護者に直接補助する制度ではないと明記されています。県のページで実施自治体として挙げられているのは、相模原市、鎌倉市、海老名市、藤沢市、葉山町、二宮町です。神奈川県にお住まいの場合は、市町村の制度を確認することになります。
出典：神奈川県「フリースクール等利用児童・生徒支援事業費補助金」
交通費や活動費の補助
利用料ではなく、フリースクールや教育支援センターへ通うための交通費、体験活動の実費を補助する制度を設けている自治体もあります。利用料の助成がない地域でも、こちらはある、ということがあります。制度の名前に「経済的支援」「通所費」といった言葉が入っていたら、何の費用が対象なのかを確かめてください。
LINEで聞いてみませんか
「うちの地域で使える制度はある？」「月々いくらかかる？」といったご質問に、LINEでスタッフがお答えします。
申請の流れ｜5つのステップ
細かい手続きは自治体によって違いますが、大きな流れは共通しています。大事なのは「あとからまとめて申請すればいい」と思い込まないことです。北広島市のように、申請した日の翌月分からが対象になる制度もあります。
通い始める前に、ステップ1と2を済ませておくと安心です。
- 制度があるかを調べる都道府県と市区町村、両方の教育委員会のページを確認します。見つからないときは電話で聞いてかまいません。
- 対象の施設かを確かめる通いたい施設が、自治体の認定・登録・認証を受けているかを確認します。施設に聞くのが早道です。
- 在籍校に伝える出席扱いが条件になっている制度では、校長の判断が必要です。担任か教頭先生に「助成の申請を考えている」と伝えます。
- 申請書を出す申請書、利用料の領収書、在籍や出席の状況がわかる書類などを提出します。受付期間が決まっている制度が多いので、期限を先に確認します。
- 交付を受ける多くの制度は、いったん利用料を全額払い、あとから助成分が振り込まれる形です。数か月分をまとめて請求する制度もあります。
申請の時期も自治体によってまちまちです。姫路市は年2回の期間に分けて受け付け、松山市は4〜8月分と9〜12月分で申請の時期が分かれています。名古屋市は年度末近くまで随時受け付けています。「いつまでに出せばいいか」は、通い始めた月に確認しておくのがおすすめです。
申請の前に知っておきたい4つの注意点
制度があるとわかって安心したあとに、「思っていたのと違った」となりやすい点があります。申請の前に、次の4つを確かめておいてください。
1. いったん全額を払う「あと払い」が基本
多くの制度は、保護者が利用料を施設に支払い、その領収書をもとに助成分があとから振り込まれる形です。振り込みは数か月後になることもあります。最初の数か月は、助成なしの金額を払えるかどうかで家計を考えておく必要があります。
2. 対象になる費用の範囲
助成の対象は「利用料（授業料・月謝）」に限られ、入会金、教材費、昼食代、交通費、行事の費用は含まれない制度があります。逆に、交通費や実習費を別枠で対象にしている自治体もあります。月謝のうちどこまでが対象の経費に入るのかは、制度のページの「対象経費」の欄で確認できます。
3. 年度ごとに申請し直す
助成は年度単位の制度です。前の年度に受けていても、新しい年度にはあらためて申請が必要になるのが一般的です。年度が替わると、金額や条件、申請の時期が変わることもあります。4月になったら、制度のページをもう一度開いてください。
4. 引っ越し・転校したとき
条件が「市内在住」や「市立学校に在籍」になっている制度では、引っ越しや転校で対象から外れることがあります。転居先に同じような制度があるとは限りません。引っ越しの予定がある場合は、転居先の自治体の制度も早めに調べておくと安心です。
どれも、制度のページを最後まで読めば書いてあることです。ただ、不登校の対応で気持ちに余裕がない時期に、長い要綱を読み込むのは大変です。わからないところは、遠慮せず自治体の担当窓口に電話で聞いてください。「うちの場合は対象になりますか」と具体的に聞くのが、いちばん早く確実です。
自分の自治体に制度があるかを調べる3つの方法
この記事に載っていない自治体にも、制度がある可能性は十分にあります。逆に、載っている制度も来年度は変わるかもしれません。自分で調べる方法を3つ紹介します。
1. 「自治体名＋フリースクール＋助成」で検索する
市区町村名と都道府県名の両方で検索します。「補助金」「助成金」「利用料」「支援」など、言葉を変えて試してください。検索結果のうち、自治体の公式サイト（多くはURLに lg.jp が入ります）のページを開きます。まとめサイトの情報は古いことがあるので、金額や期限は必ず公式ページで確かめてください。
2. 教育委員会に電話で聞く
ページが見つからないときは、市区町村の教育委員会（学校教育課、指導課、教育相談の担当など）に電話します。「不登校の子がフリースクールに通う場合に、利用料の助成はありますか」と聞けば通じます。制度がない場合も、「県の制度はありますか」「交通費などほかの支援はありますか」と続けて聞いてみてください。
3. 通いたい施設に聞く
フリースクールのスタッフは、通っている家庭の申請を見てきているので、その地域の制度に詳しいことが多いです。「こちらは助成の対象になっていますか」「申請している方はいますか」と見学のときに聞いてみましょう。
制度は毎年のように新しくできています。今年度は制度がなくても、翌年度の予算で始まることがあります。年度が替わる3〜4月に、もう一度調べ直す価値があります。
NIJINアカデミーで自分らしさを取り戻した子どもたちと保護者が、自分の言葉で語ったインタビューです。
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オンラインのフリースクールは助成の対象になる？
自宅から参加するオンライン型のフリースクールが対象になるかどうかは、自治体によって扱いが分かれています。確認できた範囲では、次のような違いがあります。
| 自治体 | オンライン型の扱い |
|---|---|
| 神戸市 | 対象。通所型とは別に、オンライン型は月額1.5万円を上限として定めている |
| 姫路市 | 施設を持たない形の場合は、双方向のオンラインであることが必要 |
| 名古屋市 | 愛知県内にある通所型の施設が対象 |
オンライン型を明確に対象にしている自治体は、まだ多くはありません。一方で、文部科学省の通知では、自宅でICTを活用して学習した場合の出席扱いの考え方が示されており、オンラインでの学びを認める流れは進んでいます。オンライン型を検討している場合は、自治体に「オンラインのフリースクールも対象ですか」と具体的に聞いてみてください。
助成を使うと、月々の負担はいくらになる？
イメージしやすいように、月謝が3万円のフリースクールに通う場合を、いくつかの自治体の制度に当てはめて計算してみます。制度の文面どおりに単純計算した例で、所得の条件がない区分を使っています。実際の交付額は、対象になる経費の範囲や審査によって変わります。
| 自治体 | 制度の内容 | 助成額（月） | 自己負担（月） |
|---|---|---|---|
| 東京都 | 月額2万円を上限 | 20,000円 | 10,000円 |
| 神戸市（通所型） | 半額・上限2万円 | 15,000円 | 15,000円 |
| 鎌倉市 | 2分の1・上限1.3万円 | 13,000円 | 17,000円 |
| さくら市・姫路市・松山市 | 月額1万円を上限 | 10,000円 | 20,000円 |
| 名古屋市（就学援助認定者等以外） | 4分の1・上限11,000円 | 7,500円 | 22,500円 |
| 助成のない自治体 | — | 0円 | 30,000円 |
同じ月謝でも、住んでいる場所によって自己負担が月1万円から3万円まで変わります。年間にすると最大で24万円の差です。助成の有無は、通い続けられるかどうかに直結します。施設を比べるときは、月謝そのものだけでなく「助成を引いたあとの金額」で比べると、選択肢の見え方が変わってきます。
助成がない地域でできること
調べた結果、お住まいの地域に制度がなかった場合も、負担を抑える方法はあります。
ひとつに決めず、組み合わせて使うご家庭も多くあります。
教育委員会が設置する教育支援センター（適応指導教室）は、多くの自治体で無料です。学校の中に別室の居場所を設けている学校も増えています。
週1日や午前だけなど、少ない日数で使える施設なら、費用はその分抑えられます。公的な支援と民間の施設を曜日で使い分ける方法もあります。
校舎の維持費がかからない分、通学型より月謝を抑えている場があります。交通費や送迎の負担がないことも、家計には効いてきます。
もうひとつ、時間はかかりますが、自治体に声を届けるという方法もあります。助成制度の多くは、保護者や支援団体の要望をきっかけに作られてきました。教育委員会への相談のときに「利用料の助成があると助かります」と伝えるだけでも、ひとつの声になります。
NIJINアカデミーの費用と、助成の確かめ方
NIJINアカデミーは、メタバース（バーチャル）校舎を中心としたオルタナティブスクールです。費用は次のとおりです。
- メタバース通学——月額25,443円（税込・施設利用料込）。平日は毎日開校し、月100コマの授業から選べます
- ハイブリッド通学——月額41,943円から。メタバース通学に加えて、全国52か所のリアル教室に週1日から通えます（リアル教室の料金は教室によって異なります）
- 入学金——33,000円（税込）
NIJINアカデミーが助成の対象になるかどうかは、お住まいの自治体の制度によって異なります。オンライン型を対象にしているか、施設の認定や登録が必要か、といった条件が自治体ごとに違うためです。「うちの自治体で対象になるか知りたい」という場合は、LINEでスタッフにお住まいの地域をお伝えください。あわせて、自治体の担当窓口にも確認されることをおすすめします。
助成の条件に「在籍校の出席扱い」が入っている制度は少なくありません。NIJINアカデミーでは、出席扱いを希望した生徒の97%が、在籍校で出席として認められています（最終判断は在籍校の校長）。学習の記録を在籍校と共有する仕組みがあるので、出席扱いの相談と助成の申請を並行して進めやすくなっています。
NIJINアカデミーの雰囲気を見る
費用を考える前に、まず「どんな場なのか」を映像で見てみてください。「時間どおり・決まりどおり」がつらかった小学生が、自分に合う居場所を見つけるまでの話です。
「明るくない子どもなんていない。問題児なんてたったの一人もいない」——これは、公立小学校の教員だった星野達郎（タツロー）校長がNIJINアカデミーを設立した原点にある言葉です。お金の心配が、その子に合う場と出会う機会をふさいでしまわないように。使える制度は、遠慮なく使ってほしいと思います。
よくある質問
まとめ
フリースクールの利用料への補助金・助成金は、国の制度ではなく、自治体ごとの制度です。金額は、利用料の2分の1を月1万円〜2万円を上限に助成するものが多く、東京都のように月額2万円を上限とする制度もあります。都道府県の制度に市区町村が上乗せしている地域もあるので、両方を調べることが大切です。
対象になるかどうかは、住所と在籍校、不登校の状態、通う施設、世帯の所得、ほかの助成との関係で決まります。なかでも「通う施設が対象かどうか」は見落としやすい点です。施設を決める前に、対象施設の条件を確かめておくと安心です。
制度は毎年のように変わります。この記事の一覧は出発点として使い、最新の内容は必ず自治体の公式ページで確認してください。そして、制度がなかった場合も、公的な支援や通う日数の調整、オンライン型など、負担を抑える方法はあります。費用のことで迷ったら、ひとりで抱えず、自治体の窓口や施設のスタッフに聞いてみてください。
まずはお聞かせください
お住まいの地域の助成のこと、月々の費用のこと。気になることは、LINEでスタッフにお気軽にご相談ください。